MES系統的實施與其他信息系統的實施一樣需要按照信息系統項目管理的要求來進行，其工作的重點是明確項目范圍、形成項目團隊、確定項目需求、合理選擇供應商、有計劃組織實施及實施上線后的定期評估及持續優化等環節。

　　目前，企業在實施MES系統時存在以下共性難點：

　　1、 知識短板，形成心理障礙

　　目前企業實施MES的往往由兩類不同知識結構的人才來進行，一種是傳統的IT人員，另外一種是工控人員(或設備管理員)，由于MES是一個專業交叉很強的綜合項目，而這兩類人員因為在知識結構上存在差異(IT人員不熟悉設備、控制等，而工控人員不熟悉IT)，因此無論由誰來主導，在MES項目實施前均存在一定的心理障礙，即便有的企業在實施MES的過程中將這兩類人才整合為一個項目組，但如果雙方缺乏合理的溝通機制，在理解上往往會出現偏差。

　　2、 前期信息化實施矛盾集中體現

　　企業實施MES的動力來源于前期信息化項目，尤其是ERP項目實施應用相對較好的客戶，在ERP深化應用的過程中，發現僅靠ERP系統并不能很好地解決生產管理的問題(如信息及時反饋、質量管理、高級計劃排程等等)。希望通過MES的實施能解決之前ERP項目應用中的問題，因此前期ERP等項目應用中的矛盾和問題就浮出水面，對IT人員而言無疑是一個巨大的挑戰。此外，MES的定位是制造執行系統，不少人認為是抓住了“救命稻草”，寄希望通過MES能解決所有涉及生產管理的問題。

　　3、 個性強，涉及企業最核心業務

　　因為MES的實施必然會涉及制造企業最核心的業務——生產，而且個性化非常強，因此企業在實施MES的時候慎之又慎，往往會采取保守策略，畢竟生產線是經不起折騰的。

　　4、 系統龐大，誰先誰后缺乏認識

　　MES是一個龐大系統，模塊與模塊之間的邏輯關系如何?先實施哪塊，后實施哪塊?實施的前提是什么?是非常復雜的。

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　　5、 與ERP等系統之間邊界不清晰

　　MES在功能的描述上很多與ERP一樣，在功能上也存在一定的重疊、交叉，那么MES真正的內涵、外延如何?與ERP之間的邊界如何界定?如果沒有對ERP和MES有深入的研究，是很難界定的。

　　6、 供應商關注重點各不相同

　　各MES解決供應商因為進入該領域的背景不同，其關注點也不相同。很多功能似乎都是企業需要的，但如何選擇到能真正適合自己的，給企業選型決策帶來了困難。

　　因此，企業在實施MES之前，必須結合生產特點、管理要求，形成規范的MES需求,在此基礎上指導實施和應用。