殼聚糖酶是一種RP蛋白，可以提高植物的抗病能力。同時利用殼聚糖酶降解一些真菌細胞壁，用以鑒定細胞壁的精細結構，可以更有效的防治病原菌，提高農作物產量。因此殼聚糖酶可以作為農業應用中的生物控制劑。